Dokuz Eylül Üniversitesi 20 Temmuz 1982`de "Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında 41 Sayılı Kanun Hükmündeki Kararname" ile kurulmuştur.



Kuruluşunda, Ege Üniversitesi`nden Güzel Sanatlar Fakültesi, Hukuk Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Tıp Fakültesi, Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü, Adalet Yüksekokulu, Aydın Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu; Milli Eğitim Gençlik ve Spor Bakanlığı`ndan Buca Eğitim Fakültesi, Denizli Mühendislik Fakültesi, İlahiyat Fakültesi, Demirci Eğitim Yüksekokulu, Denizli Eğitim Yüksekokulu, İzmir Meslek Yüksekokulu; Kültür ve Turizm Bakanlığı`ndan, İzmir Devlet Konservatuvarı; Ankara İktisadi ve Ticari Bilimler Akademisi`nden, Muğla İşletmecilik Yüksekokulu Dokuz Eylül Üniversitesi`ne geçti.

Yeni kurulan Fen Edebiyat Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Deniz İşletmeciliği ve Yönetimi Yüksekokulu, Eğitim Yüksekokulu, Sanat Eğitimi Yüksekokulu olmak üzere üniversite toplam 24 birimle eğitim-öğretim çalışmalarına başlamıştır.



1983 yılında Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü kurularak faliyete geçerken Sanat Eğitimi Yüksekokulu kaldırılmıştır.



1987 yılında Manisa Maliye Muhasebe Yüksekokulunun İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesine dönüştürülmesi ile birlikte; Yeni kurulan Denizli Meslek Yüksekokulu,Bölgesel Kalkınma ve İşletme Bilimleri Arastırma ve Uygulama Merkezi (BİMER), Ege Bölgesi Araştırma ve Uygulama Merkezi (EBAMER),



1988`de Deniz İşletmeciliği ve Yönetimi Yüksekokulu,1989`da Muğla Meslek Yüksekokulu, Avrupa Topluluğu Uluslararası İlişkiler Araştırma ve Uygulama Merkezi (ATMER),



1990’da Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile İlahiyat Meslek Yüksekokulu,



1991’de Fen Edebiyat Fakültesi ile Çevre Araştırma ve Uygulama Merkezi (ÇEVMER) faaliyete geçmiştir.

Ege Bölgesinin 5 büyük iline (İzmir,Manisa,Aydın,Denizli,Muğla) yayılan Dokuz Eylül Üniversitesi, kuruluşunun 10. yılında 13 fakülte, 5 enstitü, 13 yüksekokul, 6 merkez ve 4 bölüm olmak üzere toplam 41 birime ulaştı.



1992 yılında Ege Bölgesindeki 4 yeni üniversitenin kurulmasına destek veren üniversiteden, Aydın`daki Veteriner ve Ziraat Fakülteleri ile Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu Adnan Menderes Üniversitesine, Muğla`daki İşletmecilik ve Meslek Yüksekokulları Muğla Üniversitesi`ne, Manisa`daki İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Demirci Eğitim Yüksekokulu ile Beden Eğitimi ve Spor Bölümü Celal Bayar Üniversitesi`ne, Denizli`deki Tıp , Mühendislik Fakülteleri ile Eğitim ve Meslek Yüksekokulları Pamukkale Üniversitesi’ne bağlandı.



1992'de Torbalı Meslek Yüksekokulu, İşletme Fakültesi, Hemşirelik Yüksekokulu, Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu, Onkoloji;Hemodiyaliz-Transplantasyon, Güzel Sanatlar Enstitüsü, Eğitim Bilimleri Enstitüsü, Din Bilimleri Araştırma Enstitüsü, Mühendislik-Mimarlık Fakültesinden ayrılan Mimarlık Fakültesi,



1995'de Tekstil, Hazır Giyim ve Boya Araştırma Uygulama Merkezi (TEKBOYAM),



1997'de Yabancı Diller Yüksekokulu, 1998 de Kafkasya-Orta Asya Akeoloji Araştırma Merkezi (KOMER), Jeotermal Enerji Araştırma ve Uygulama Merkezi (JENARUM), Sürekli Eğitim Merkezi (DESEM),



2001'de Deprem Araştırma ve Uygulama Merkezi (DAUM), İstatistik ve Risk Analizleri Araştırma ve Uygulama Merkezi(İRAMER), Su Kaynakları Yönetimi ve Su Kaynaklı Doğal Afetlerin Kontrolü Araştırma ve Uygulama Merkezi (SUMER),



2002’de Beyin Dinamiği Multi-disipliner Araştırma ve Uygulama Merkezi,



2004’de Hukuk Araştırmaları Merkezi, Tekne Üretim Teknolojileri Araştırma ve Uygulama Merkezi, Sığ Jeofizik ve Arkeolojik Prospeksiyon Araştırma ve Uygulama Merkezi, Fauna ve Flora Araştırma ve Uygulama Merkezi, Anlaşmazlık Çözümü Araştırma ve Uygulama Merkezi,



2005`de Yüzey Teknolojileri ve Hasar Analizi Araştırma ve Uygulama Merkezi, İzmir İli Stratejik Planlama, Yönetişim Araştırma ve Uygulama Merkezi,



2006’da Dil Eğitimi Araştırma ve Uygulama Merkezi, Akademik Acil Tıp ve Afet Uygulama ve Araştırma Merkezi, Bilişim Teknolojileri Araştırma ve Uygulama Merkezi, Kalite Mükemmellik Uygulama ve Araştırma Merkezi, Aile Araştırmaları ve Uygulama Merkezi, Güç Elektroniği ve İşaret İşleme Teknolojileri Araştırma ve Uygulama Merkezi, Köy Enstitüleri ve İsmail Hakkı Tonguç Araştırma ve Uygulama Merkezi,



2007’de Üniversite Sanayi Uygulama ve Araştırma Merkezi,



2008’de İş Sağlığı Araştırma ve Uygulama Merkezi,



2009’da Batı Anadolu Seramiği Araştırma ve Uygulama Merkezi, Ses Kayıt Stüdyosu, Akustik ve Bilişsel Müzikoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi, Senfonik Müzik Uygulama ve Araştırma Merkezi, Elektronik Malzemeler Üretimi ve Uygulama Merkezi , Kadın Hakları ve Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi ile Spor Bilimleri ve Teknolojisi Yüksekokulu, Foça Reha Midilli Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Seferihisar Fevziye Hepkon Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu kurulmuş ve Deniz İşletmeciliği ve Yönetimi Yüksekokulu Denizcilik Fakültesi'ne dönüştürülmüştür.



2010’da Fen-Edebiyat Fakültesinin adının Fen Fakültesi olarak değiştirilmiş ve Edebiyat Fakültesi ile Kalp Damar Hastalıkları Uygulama ve Araştırma Merkezi, Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulmuştur.



2011’de Kemik Kıkırdak Doku Biyoteknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi, Evde Bakım Uygulama ve Araştırma Merkezi, Rehberlik ve Psikolojik Danışmanlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Balkan Araştırmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi, İleri Biyomedikal Ar-Ge Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulmuş, Güç Elektroniği ve İşaret İşleme Teknolojileri Araştırma ve Uygulama Merkezi kapatılmış, Hemşirelik Yüksekokulu Hemşirelik Fakültesine dönüştürülmüştür.



2012’de Çocuk Eğitimi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Sağlık Hukuku Uygulama ve Araştırma Merkezi, Palyatif Bakım Uygulama ve Araştırma Merkezi, Uyku ve Bilinç Durumları Teknolojisi Uygulama ve Araştırma Merkezi, Biyomedikal Metroloji ve Kalibrasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi, Ulusal Klinik Altyapı Ağı Uygulama ve Araştırma Merkezi, Ulaştırma Emniyeti ve Kaza İnceleme Uygulama ve Araştırma Merkezi, Bergama Meslek Yüksekokulu kurulmuştur.



2013’de Girişimcilik, İşletme ve Ekonomi Uygulama ve Araştırma Merkezi kurulmuş, İlahiyat Fakültesi''''ne bağlı olarak kurulan İlahiyat Meslek Yüksekokulu kapatılmıştır.